JMP® Genomics

Avec JMP Genomics, explorez des données de type nombre de copie gèneet perte d'hétérozygosité (LOH) associées à des groupes ou des individus. Vous pouvez évaluer la qualité des données grâce à l'analyse de distributions ou en composantes principales, identifier des échantillons aberrants et de points de données aberrants, et ajuster les jeux de données LOH et de type nombre de copie de gène à l'aide d'échantillons de référence groupés ou appariés. Analysez la partition des points de rupture en procédant à une rapide segmentation binaire circulaire (CBS) et personnalisez l'affichage des résultats afin de visualiser la moyenne des intensités des segments, d’assombrir les segments relatifs à une valeur de référence, et d’afficher uniquement les segments respectant la valeur seuil que vous avez définie. Vous pouvez également tirer parti des approches ANOVA pour identifier statistiquement les différences majeures du nombre de copie de gène entre plusieurs groupes expérimentaux ou comparer des échantillons individuels avec un groupe de référence. Les présentations graphiques interactives et le ”Genome Browser” implementés dans JMP Genomics facilitent, quant à eux, l'identification de régions génomiques intéressantes.

Grâce à ses workflows conviviaux, JMP Genomics est aussi à la portée des nouveaux utilisateurs qui pourront aisément analyser les expressions de gènes et d'exon ainsi que les jeux de données mRNA-seq. Il suffit de pointer-cliquer pour sélectionner les méthodes de contrôle qualité, de normalisation, d'analyse et de découverte de patterns d’expression, les résultats étant ensuite disponibles dans des rapports tabulés interactifs.

Les analystes chevronnés apprécieront la souplesse inégalée de JMP Genomics 5 ainsi que les nouvelles options permettant de cribler l'expression spécifique d’allèles et de cibler ensuite des gènes candidats intéressants à des fins d'analyses approfondies. Les informations fournies par une analyse densité par la méthode du noyau (KDE = Kernel Density Estimation)sont désormais utilisées dans le cadre des normalisations par les méthodes loess et quantiles afin d'améliorer l'ajustement du modèle. Les filtres de gènes et d'échantillons vous permettent en outre de réanalyser rapidement des sous-ensembles de vos données.

Découvrir les fonctionnalités d'analyse d'expressions de JMP Genomics

JMP Genomics offre des options d'analyse de données génétiques cas-témoins prenant en charge des jeux de données contenant 1,5 million de SNP pour 15 000 d’individus sur un poste de travail de 32 bits. Il est possible d'analyser des jeux de données encore plus volumineux sur des postes de travail ou serveurs 64 bits. Avec JMP Genomics 5, vous pouvez :

• tirer parti d'options de permutations expérimentales pour tester les associations SNP-trait de caractère pour différents types de caractères ;
• examiner des SNP associés à plusieurs caractères continus par le biais d'une MANOVA ou de superposer des résultats de test d'un trait de caractère unique en utilisant des diagrammes de Venn ;
• découvrir et tester des interactions SNP-SNP et regrouper des variants SNP rares au sein de gènes, de reseaux metaboliques ou de groupes positionels ;
• créer et compresser des matrices de relations à intégrer dans les testes d’associations en vue de corriger la structure de la population et les liens de parenté.

Simplifier l’analyse par l’utilisation des nouveaux workflows d'analyse des variants rares et Q-K.

JMP Genomics offre des fonctionnalités d'analyse statistique sophistiquées en aval du traitement des données issues des nouvelles générations de séquenceurs.. Vous pouvez importer les génotypes ou dénombrements de séquence de vos expériences directement au format texte. Les dénombrements de séquence peuvent être résumés par intervalles de classe positionnels ou à l'aide des modèles de gènes existants. La prise en charge des fichiers SAM simplifie la création de jeux de données prêts à être analysés.

Des outils inédits permettent de recoder ou d'effectuer une analyse à un niveau groupe des variants SNP rares et communs. Vous pouvez également effectuer des criblages flexibles pour identifier les corrélations entre differents types de données appariées. Les résultats des analyses statistiques ou dénombrements peuvent être visualisés dans le “Genome Browser” de JMP Genomics sous forme d'histogrammes ou de graphiques de chaleur, avec superposition des résumés de niveau groupe ou individuel afin de compléter les données de de sortie des gènes et SNP.

JMP Genomics excelle dans la modélisation prédictive et offre un vaste choix de méthodes ainsi que des options de filtrage de régresseur et de validation croisée. JMP Genomics vous guide tout au long des analyses exploratoires des types de données séparés et appariés et vous permet d'associer plusieurs types de régresseur pour créer et tester des signaturesde biomarqueurs , puis effectuer sur ces dernières une validation croisée en tirant parti de multiples méthodes de hold-out.

La participation active de développeurs JMP Genomics au consortium MAQC (MicroArray Quality Control) a influencé le développement des fonctions de modélisation prédictive au sein de JMP Genomics. Les stratégies d'itération et de duplication intégrées au logiciel visent à réduire les biais tandis que des approches de validation croisées permettent d'évaluer avec précision les performances relatives de centaines de modèles à la fois.

Réseaux JMP Genomics 5 facilite la liaison entre les informations sur les réseaux biochimiques et les résultats d'analyse statistique. Cliquez pour transférer les listes de gènes vers le logiciel IPA (Ingenuity Pathways Analysis) afin de visualiser les informations relatives aux réseaux biochimiques et de les ajouter aux jeux de données d'analyse dans le but d'effectuer des tests d'enrichissement de liste de gènes.

Vous pouvez également incorporer dans des réseaux biochimiques issues des bases de données MsigDB et KEGG, les informations d’un jeux de données d'analyse d’une liste de genes. . Utilisez les groupements de genes existants par région chromosomal ou créez des groupes d'annotation personnalisés à l'aide de la localisation des gènes. JPM Genomics 5 intègre une fonctionnalité inédite de scoring des groupes de gènes, qui résume les mesures individuelles de l'expression des gènes au niveau de réseaux biochimiques pour détecter les patternes d’expression différentielle associées mais hétérogènes.

En savoir plus sur les outils d'analyse des réseaux biochimiques