JMP® Genomics

概要
コピー数
発現
遺伝学
リンケージマッピング
次世代
予測モデリング
パスウェイ解析

JMP Genomicsによるデータの探索や理解、解析結果の共用が、これまで以上にずっと簡単になりました。JMP Windowsインターフェースをフル活用した、洗練されたユーザーインターフェースを持つJMP Genomicsは、タブ付きのレポートを使用して各種結果を自動的に整理し、解析オプションをカスタム表示できます。
R、Excelなど他のツールとの統合機能を備えたJMP Genomicsを、分析のハブとしてご活用ください。

JMP Genomicsは、次世代シーケンシングやマイクロアレイ解析などの大容量のデータセットを処理する際にも役立ちます。希少変異や一般的変異の解析、発現パターンの差の検出、信頼できるバイオマーカープロファイルの発見、解析ワークフローへのパスウェイ情報の取り込みに必要なツールが提供されます。

JMP Genomicsでは、グループ間や個体間でのコピー数やヘテロ接合性の消失解析（LOH）データの違いを探索できます。
ペアまたはグループでのリファレンスサンプルを使用してデータの質を評価することにより、外れ値のサンプルやデータポイントを識別したり、コピー数やLOHデータセットの調整ができます。サーキュラーバイナリセグメント化（CBS）方法を使ったパーティション解析により、サンプル間における共通なパターン（位置、強度）を視覚化します。

ANOVAベースのアプローチから、実験グループ間に統計学的有意差を見つけたり、基準グループと個々のサンプルを比較することも可能です。対話的なグラフィック表示とJMP Genomicsブラウザにより、ゲノムの関心領域を容易に特定できます。

新しいセグメンテーションサマリープロットは、コピー数の増減の共有領域を特定するために対話的にフィルタリングすることが可能。

JMP Genomicsの一般的な強度、整列読み取りおよびカウント（度数）データフォーマットのサポートにより、次世代試験のアレイデータの解析や要約が簡単になりました。新規ユーザの方でも、簡単に使えるワークフロー機能により、遺伝子とエクソン発現の解析はもちろん、RNA-seqデータセットの解析もシンプルに実現します。マウスでポイントアンドクリックするだけで、品質管理、ノーマライゼーション（標準化）、分析、パターン検出方法を選択することができ、対話的なタブ付きのレポートに表示さる分析結果を探索できます。また、アレル特異的発現のスクリーニング、強度またはカウントによるフィルタリング、バッチノーマライゼーション、そして、サンプルと遺伝子についてフィルタリングしたサブセットについて、簡単に再解析を行うことができます。

JMP Genomics 5.1は、高度な解析を行うアナリストのニーズを満たすために、SAS Analyticsを活用したカウントデータのノーマライゼーションとモデリングのオプションを提供することでこれらの大容量のデータセットを処理し、今までにない柔軟性を実現しました。生存データの解析では、カテゴリカルや連続的な共変量をモデルに指定し、最小二乗平均効果の差や推定に対する指定をユーザが行うことができるオプションが追加されました。

興味深い領域を識別するために、p値、強度、カウントまたはシンプルかつ複雑なゲノム上の倍率変化などの連続変数を重ね合わせて、詳細な統計結果とトラックをドリルダウンで表示。

JMP Genomicsには、シンプルなケースコントロール関連解析から、共変量、交互作用および変量効果をサポートする複雑な線形モデルに至るまで、さまざまな関連解析のオプションがあります。連鎖不平衡パターンの解析、母集団構造の補正、SNP-SNP交互作用の検出が可能です。個体間の関連性を示す行列を作成、次元の縮約を行い、Q-K混合モデル分析で関連解析を行うことにより、母集団構造と関連性を同時に補正できます。64ビットのワークステーションまたはサーバ上のJMP Genomics 5.1のライセンスオプションを使用すれば、これまで以上に大容量のデータセットを処理することができます。

JMP Genomics 5.1では、次のことが可能になります。

VCFファイル、CLCbio SNPおよびindelレポート、Complete Genomicsサマリーファイルや、その他さまざまなテキストベースのフォーマットから変異情報をインポートする。
希少変異の関連解析に関するさまざまな方法を搭載し、遺伝子、パスウェイまたは位置グループ内の希少SNP変異を分類する。
研究間のストランド差異を調整し、GWASデータのメタ分析を行う。
血縁および非血縁個体間のIBS（identical by state）の共有ゲノム領域を特定する。

血縁および非血縁個体間のIBSの共有マーカー遺伝子型を含むゲノム領域を特定する。

JMP Genomics 5.1は、農作物の収穫高を改善するために使われるマーカーの連鎖地図の構築、最適化、可視化のための新しい対話的なプロセスを特徴とします。これらの新しいプロセスにより、次のことが可能になります。

遺伝子型のデータを使用して、交雑実験から新しい連鎖グループを推定する。
多次元尺度法（MDS）または高度なマーカーの順序最適化手法を使用して、事前定義されたコンセンサスマップから連鎖群またはマーカーグループ内のマーカーを順序付ける。^※
シンプルで対話的なグラフィックや、高品質多種染色体ビューを使用して、新規作成またはインポートされたマーカーマップを視覚化する。
既存マップと新規マップ間のマーカーのグループ分けや順序を、対話的に比較する。

さらに、多環境試験における遺伝子と環境の交互作用を探求し、対話的なグラフィックを使用して表現型情報を要約し、新しく構築されたマーカーマップによるQTL解析を行うこともできます。

※ SAS/ORは別途ご契約いただく必要があります。

JMP Genomics、または他のソフトウェアからインポートした連鎖地図を可視化。

JMP Genomicsは最先端のシーケンス解析パイプラインから整列読み取り解析を行う、高度な下流統計解析能力を提供します。テキストフォーマットからカウント（度数）をインポートするか、SAM、BAM、Elandの入力ファイルのカウントを要約することにより、新しい正規化およびカウントデータに適合した一般線形モデリング手法をフル活用できます。新しいRNA-seqとmiRNA-seqのワークフローが統計解析手順を効率化します。

さまざまなテキスト形式またはVCFファイルから直接遺伝子型をインポートしたり、リファレンスゲノムを使用して、BAMファイルセットから、Variants Callを選択することもできます。JMP Genomics 5.1は、希少および一般的SNP変異の各種関連解析手法と血縁および非血縁個体間のIBS（identical by state）領域を特定する新しいプロセスをサポートしています。さらに、JMP Genomics Browserは、異なるデータ型間の有意な相関をスクリーニングし、統計結果をゲノムコンテキストで重ね合わせた結果をトラックで表示することもできます。

TMMノーマライゼーションを用いてサンプル間のカウントデータを測定し、サンプル間のTMM因子を比較し、ノーマライズされたデータのカーネル密度プロットを表示。

JMP Genomics 5.1は、予測モデリングを得意とし、広範かつ頑健な手法はもちろん、予測因子フィルタリング、キーとなる予測因子の固定およびクロスバリデーションのオプションを提供します。個別および対のデータ型の包括的な探索的解析を行い、複数の予測因子タイプを組み合わせることができ、ホールドアウト方法を選択し、バイオマーカーシグネチャーの構築、テスト、クロスバリデーションが可能です。

JMP開発者によるマイクロアレイ品質管理コンソーシアムへの広範な参加により、JMP Genomicsの予測モデリング機能の開発が実現しました。一度に何百ものモデルの相対パフォーマンスを正確に評価できる正当なクロスバリデーションアプローチを用い、JMP Genomicsに搭載された複製および反復機能により、バイアスを減らすことを目指します。

ROC曲線を表示し、さまざまなROC統計を使用して予測モデルを評価。

JMP Genomicsはパスウェイ情報を解析結果にリンクする際に役立ちます。クリックするとパートナーツールであるIngenuity Pathways Analysisに遺伝子リストをアップロードしてパスウェイの表示・色付けをすることができ、IPA情報を追加して遺伝子セットの濃縮試験を実施できます。JMP Genomicsは、遺伝子発現の個々の測定値をパスウェイレベルで要約した遺伝子セットのスコアリングを提供し、関連性はあっても不均一な発現パターンの差異を検出します。

また、解析データセットにMsigDBまたはKEGGから遺伝子セットとパスウェイ情報を取り込んだり、染色体座位によって遺伝子を分類したり、位置情報を使用してアノテーショングループをカスタマイズすることもできます。KEGGパスウェイを取得し、色付けすることで発現に対して差異がある遺伝子を簡単にハイライトできます。